O Conselho de Pedagógico é o órgão responsável por deliberar sobre todas as questões que têm a ver com a vida acadêmica da instituição, é por exemplo em sede deste conselho em que é aprovado o calendário académico e o regulamento dos exames de acesso, todos os anos.
É presidido pelo seu Director Geral Adjunto para Área Académica.
Fazem parte deste órgão o Director Geral, o Director Geral Adjunto para área científica todos os Chefes dos Departamentos de Ensino Investigação e Extensão e o Departamento dos Assuntos Acadêmicos, dois (2) docentes por cada DEI, preferencialmente com o grau de Mestre e de Doutor e responsáveis dos Conselhos Científicos e Pedagógicos dos DEI. Os estudantes também estão representados neste órgão.